Guru besar Filsafat Islam ini pernah menjabat sebagai rektor Universitas Islam Negeri Syarif Hidayatullah Jakarta pada periode 2006—2010 dan 2010—2015. Saat ini, Komaruddin Hidayat dipercaya untuk menjadi rektor di Universitas Islam Internasional Indonesia (UIII) yang merupakan kampus bertaraf internasional untuk menjadi pusat kajian kebudayaan Islam yang modern, toleran, dan berkemajuan. 

Selain sebagai pengajar di beberapa universitas di Indonesia, intelektualitas Komaruddin Hidayat dapat ditelusuri dari berbagai tulisan, baik yang dimuat di media massa maupun dalam buku yang diterbitkan. Tulisan-tulisan tersebut merepresentasikan buah pikirannya mengenai agama, masyarakat, dan negara. Fokusnya pada pembangunan kualitas manusia melalui pendidikan juga dapat ditemukan dari sejumlah esai dan kolom yang pernah ditulisnya, pun dari berbagai kerja nyatanya di bidang pendidikan. Salah satunya sebagai anggota Badan Starndar Nasional Pendidikan Republik Indonesia sejak tahun 2005, maupun sebagai Direktur Eksekutif Pendidikan Madania sejak tahun 2001.